e-Fatura kullanmak isteyen bir işletme öncelikle Gelir İdaresi Başkanlığına yazılı başvuruda bulunur. Başvuru onaylandıktan sonra, ilgili Tüzel Kişiler için Mali Mühür Sertifikası alınır. Gerçek Kişiler için ise e-İmza'nın bulunması yeterlidir. (Gerçek Kişiler de isterlerse faturalarını mali mühür ile imzalayabilir.) Her kullanıcı, e-Fatura uygulaması üzerinde kendine ait bir kullanıcı hesabı oluşturmalıdır.

e-Faturada, sadece sistemde kayıtlı kullanıcılara e-Fatura gönderilebilir ve alınabilir. e-Arşiv uygulamasında ise e-Fatura kapsamı dışında kalan, dolayısıyla bu uygulamadan yararlanmayan firma ve tüketicilere de e-Arşiv Fatura kesilebilir. Ayrıca ikinci nüshası elektronik olarak muhafaza ve ibraz edilebilir.

e-Fatura çözümüyle faturalar elektronik ortama taşındığı için kağıt, baskı, posta ve arşivleme gibi maliyetler ve bunlara bağlı iş yükleri ortadan kalkar. Kağıt tüketimi minimum seviyeye indiği için her yıl yüz binlerce ağacın kesilmesi önlenmiş olur. Elektronik dağıtım sayesinde faturalama ve muhasebe süreçleri hızlanır, böylece zaman tasarrufu sağlanır. Gönderim süreçlerinin kolaylaşmasının yanı sıra, faturaların elektronik ortamda güvenli bir şekilde saklanmasıyla, fiziksel arşiv alanına duyulan ihtiyaç ortadan kalkar. Kesilmiş herhangi bir faturaya sonradan erişim ihtiyacı söz konusu olduğunda, ilgili fatura saniyeler içinde bulunabilir; fatura kaybı söz konusu olmaz. Diğer taraftan, faturaların hazırlanması sırasında anlık ve otomatik veri kaydı sayesinde hata oranı azalır.

e-Fatura uygulaması, elektronik faturaların sadece bu sistem içindeki mükellefler arasında gönderilip alınmasına imkan tanır. Dolayısıyla, e-Fatura mükellefi olmayan müşterilere genel hükümler doğrultusunda kağıt fatura ya da e-Arşiv Fatura düzenlenmesi gerekmektedir.

eLogo Özel Entegratörlük Hizmeti; 7/24 aktif çalışan, hızlı ve güvenli bir sistem sağlar. Böylece, e-Fatura gönderme ve alma işlemleri teknik yeterliliğe sahip, Gelir İdaresi Başkanlığı'ndan özel entegrasyon izni almış hizmet sağlayıcısı eLogo'nun bilgi işlem sistemi tarafından gerçekleştirilir.

​Gönüllü olarak e-fatura kullanmaya başlayan işletmeler, e-defter kullanmak zorunda değildir. Ancak zorunlu olarak e-fatura kullanmaya başlayan işletmeler için e-defter geçiş şartları tıpkı e-fatura zorunluluğunda olduğu gibi geçerlidir.​

İhracat faturası oluşturmak e-Faturaya geçiş için bir zorunluluk getirmemektedir. Fakat e-fatura mükellefi firmalar Gümrük Çıkış Beyannamesi kapsamı ile bir ihracat işlemi yaptıklarından bunu e-Fatura olarak olusturmak zorundadır.

e-Fatura uygulamasına geçiş yapan mükellefler kağıt fatura kesememektedir. Faturanın kesildiği  firma e-Fatura mükellefi ise e- Fatura değilse e-Arşiv Faturası kesmelidir.

e-Fatura Uygulaması kapalı bir uygulamadır. Bundan dolayı sadece e-Fatura mükelleflerine e-Fatura kesilebilmektedir.

Gönüllü geçişlerde yıl içersisinden e-Faturaya geçiş yapılması mümkündür.

e-faturaya  geçiç zorunluluğu kapsamında   Önceki yıllarda kademeli olarak önce 5 Milyon TL'ye, sonra da 4 Milyon TL'ye düşürülen limit, 2022 ve 2023 için 3 Milyon TL olarak belirlenmiş durumdadır. Buna göre 2022'yi takip eden hesap dönemlerinde brüt satış hasılatı 3 Milyon TL ve üzeri olan mükelleflerin e-faturaya geçme zorunluluğu bulunmaktadır.