e-Defter kullanmak isteyen işletmeler öncelikle Gelir İdaresi Başkanlığına yazılı başvuruda bulunmalıdır. Başvuru onayının ardından alınan Mali Mühür veya Elektronik Sertifikası sisteme yüklenir. Kamu Sertifikasyon Merkezi web sitesinden de Zaman Damgası programının sisteme yüklenmesinin ardından Logo e-Defter Çözümü kullanılabilir. e-Defter'den yararlanmak için Java'nın son versiyonunun yüklü olması gerekir.

Logo e-Defter uygulaması, sadece Logo ERP çözümlerini kullanan firmaların değil, Logo kullanıcısı olmayan firmaların ihtiyaçlarına da çözüm sunar. Ayrıca, bilanço esasına göre defter tutan Gerçek ve Tüzel Kişiler e-Defter uygulamasından yararlanabilir.

e-Defter çözümü, Gelir İdaresi Başkanlığı standartlarıyla uyumlu ve mevzuat değişiklikleri doğrultusunda düzenli olarak güncellenen yapısıyla, süreçlerinizin her zaman mevzuata uyumlu olmasını ve denetimlerin başarıyla sonuçlandırılmasını sağlar. Defter süreçlerini tamamen elektronik ortama taşıyan bu çözüm sayesinde baskı, kağıt, arşivleme ve kartuş gibi maliyetlerden tasarruf sağlanırken, süreçlerin hızlanmasıyla iş gücü, zaman ve onay maliyetleri gibi operasyonel maliyetlerden de tasarruf etmek mümkün olur. Uzaktan erişim özelliğiyle, sisteme zamandan ve mekandan bağımsız olarak erişilebilir. e-Defter, sadece Logo ERP kullanan işletmelerde değil, Logo çözümlerinden yararlanmayan işletmelerde de rahatlıkla kullanılabilir.

Gönüllü olarak e-fatura kullanmaya başlayan işletmeler, e-defter kullanmak zorunda değildir. Ancak zorunlu olarak e-fatura kullanmaya başlayan işletmeler için e-defter geçiş şartları tıpkı e-fatura zorunluluğunda olduğu gibi geçerlidir.

Zaman damgası, mali mühüre benzer şekilde imzalanan veri dosyasının evrensel zamana göre imzalandığını ve değiştirilemez olduğunu ortaya koyan bir sertifika türüdür. E-defterin hangi zaman aralığında hazırlandığını ispatlayabilmek amacıyla kullanılmaktadır.

Gelir İdaresi Başkanlığı sadece ilgili e-deftere dair mali mühürlü berat ya da beratları almaktadır. E-defter muhasebe kayıtları GİB’e gönderilmez.

Geçiş yapılabilir. Ancak hesap dönemi ya da takvim yılı içerisinde e-defter tutmaya başlayanlar, başlangıç tarihini izleyen bir aylık sürede matbu olarak tuttukları defterlerin kapanış tasdikini yaptırmak zorundadır.

Aynı anda iki türlü defter tutmak mümkün değildir. 1 Sıra No’lu Elektronik Defter Genel Tebliği’nde yer alan bilgilere göre, defterlerini dijital ortama taşıyan işletmeler, bir yandan da matbu defter tutmaya devam edemezler.

İşletmelerin kullandıkları yevmiye defteri ve defter-i kebir olarak bilinen defterler, e-defter kapsamına girmektedir.

E-defter beratı, e-defterin bir özetinin mali mühür ile imzalanması ve mükellef tarafından Gelir İdaresi Başkanlığına  beyan edilmesidir. Daha sonra GİB, bu e-defter özetini mühürler ve mükellefe geri gönderir. Böylece Gelir İdaresi Başkanlığı tarafından onaylanmış e-defterler kayıt altında tutulur.

Şubeler için e-defter beratlarının gönderim sırası önemlidir. Şubeli yapısı bulunan işletmelerin defter beratı olarak önce merkezinkini göndermesi gerekir. Bununla beraber tüm şubelerin beratları gönderilmeden önce, merkezin sonraki dönem beratı gönderilmemelidir. Bu sıraya uyulmadığı durumlarda GİB, önceki dönem şube beratlarını kabul etmez.